Kaikista Covid-19 PCR-löydöksistä mahdollista tunnistaa virusvariantit

Koronaviruksen Isosta-Britanniasta ja Etelä-Afrikasta Suomeen levinneet muunnokset voidaan tunnistaa sekvensoinnilla. Tulokset saadaan noin vuorokaudessa PCR-tuloksen valmistumisesta.

Vita Laboratoriot Oy on aloittanut yhteistyön Helsingin yliopiston Biotekniikan instituutin kanssa. Vitan koronalaboratoriossa PCR-tekniikalla havaitut positiiviset näytteet lähetetään Biotekniikan instituuttiin sekvensoitaviksi.

Vita Laboratoriot Oy tutkii koronanäytteitä herkällä PCR-menetelmällä, joka on ensimmäinen Suomessa akkreditoitu koronavirustesti. Nyt Vita Laboratoriot ottaa ensimmäisenä Suomessa käyttöön PCR-tutkimuksessa havaittujen tartuntojen jatkotutkimuksen viruksen piikkiproteiinigeenin sekvensointiin perustuvalla menetelmällä. Tutkimuksella pystytään noin vuorokaudessa selvittämään, onko potilaan koronavirus ns. brittivariantti tai Etelä-Afrikasta alun perin löydetty variantti. Sekvensointi on luotettavin keino havaita koronavirusvariantit.

– Kliiniseltä kannalta merkittävintä uudessa jatkotutkimuksessa on, ettei tartunnan saaneiden potilaiden tarvitse jäädä epätietoisiksi siitä, onko heillä herkästi leviävä variantti vai ei. Tämä varmastikin vähentää ylimääräistä huolta niiden potilaiden osalta, joilla varianttia ei havaita, kertoo testin pystyttäneeseen työryhmään kuuluva kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta.

Uusi tutkimus ei korvaa Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen ja Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin tekemää laajempaa, mutta nykytilanteessa hitaampaa, epidemiologista sekvensointia. Vita Laboratoriot toimittaa edelleen viranomaisten ohjeistuksen määrittelemän osan positiivisista näytteistään tähän tarkoitukseen.

– Olemme jo viime kevään aikana kehittäneet ryhmässämme Lars Paulinin ja Pia Laineen kanssa menetelmän koronavirusten koko perimän eli genomin sekvensoimiseksi. Olemme soveltaneet tätä tietoa ja kehittäneet edelleen suoraviivaisen ja nopean menetelmän, jolla voidaan perinteistä Sanger-sekvensointia ja nykyaikaisia bioinformatiikan menetelmiä käyttäen analysoida epidemian kannalta merkitsevimmät alueet koronaviruksen genomeista. Olemme hyvin nopealla aikataululla yhdessä Vita Laboratorioiden kanssa pystyneet aikaansaamaan järjestelyn, jolla voidaan osaltaan vastata yhteiskunnan tarpeeseen seurata muuntuneiden virusten epidemiologista tilannetta, kertoo Biotekniikan instituutin tutkimusjohtaja Petri Auvinen.

– Suomessa merkittävä osa työikäisistä ihmisistä käyttää yksityissektorin palveluita. Epidemian hillitsemiseksi maassamme on erittäin tärkeää, että yksityinen ja julkinen terveydenhuolto tekevät saumatonta yhteistyötä. On hienoa, että yksityinen laboratorio voi yhteistyössä yliopiston tutkimuslaitoksen kanssa olla eturintamassa varmistamassa omista näytteistään varianttien nopean ja kattavan havaitsemisen. Yhteistyömme Biotekniikan instituutin kanssa on toiminut erinomaisesti, toteaa Jokiranta.

 Lisätietoja:

– Vita Laboratoriot Oy, toimitusjohtaja, ylilääkäri Jukka Hurme, puh. 0400 500 362, sähköposti: jukka.hurme@vita.fi

– Vita Laboratoriot Oy, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta, puh. 050 547 1184, sähköposti: sakari.jokiranta@vita.fi

– Biotekniikan instituutti, tutkimusjohtaja Petri Auvinen, puh. 050 448 2852, sähköposti: petri.auvinen@helsinki.fi

Vita Laboratoriot Oy tuottaa Helsingissä korkealaatuisia lääketieteellisiä ja ympäristölaboratoriopalveluja palvellen koko Suomea. Vita on vuonna 1994 perustettu perheyritys. Vita tekee tiivistä yhteistyötä Euroopan suurimpiin keskuslaboratorioyhtiöihin lukeutuvan saksalaisen LADR-konsernin kanssa.

Biotekniikan instituutti on osa Helsingin yliopiston HiLife-organisaatiota. DNA-sekvensointi- ja genomiikkalaboratorio on tehnyt tutkimusta sekä toiminut palveluyksikkönä jo runsaan kahden vuosikymmenen ajan. Tutkimusta ja palvelua tarjotaan geenitutkimuksen, genomiikan ja bioinformatiikan aloilla.

Laboratoriokäsikirja

Lue lisää

Lähetteet

Lue lisää

Ohjeet

Lue lisää

Tarviketilaukset

Lue lisää

Vitan tarinat ja arvot

Lue lisää

Suomalainen laatu

Lue lisää

Kliininen laboratorio

Lue lisää

Elintarvike

Lue lisää

Hygienia

Lue lisää

Sisäilma

Lue lisää

Asbesti

Lue lisää