Vita Laboratoriot Oy ja Helsingin yliopiston Biotekniikan instituutti ovat löytäneet aiemmin tuntemattoman koronavirusvariantin eteläsuomalaisesta koronanäytteestä. Variantin mutaatiot vaikeuttavat sen havaitsemista ainakin yhdellä WHO:n suosittelemista PCR-testeistä. Löydöllä voi olla merkittävä vaikutus taudin leviämisen havaitsemiseen.
Alustavasti Fin-796H-variantiksi nimetyn SARS-CoV-2-viruksen perimässä on piirteitä sekä britti- että eteläafrikkalaisesta variantista.
Maailmalta on löytynyt jo useita koronaviruksen variantteja. Lähes kaikki niistä ovat brittivariantin tai eteläafrikkalaisen, brasilialaisen tai japanilaisen variantin jälkeläisiä. Nyt Suomesta löydetty variantti poikkeaa näistä kaikista. Sen perimässä on samoja piirteitä kuin aiemmin maailmalla levinneissä varianteissa, mutta se ei vaikuta kuuluvan minkään aiemman tunnetun variantin kehityslinjaan.
– Uusi variantti havaittiin Biotekniikan instituutin Vitalle tekemässä piikkiproteiinia koodaavan geenin sekvensointitutkimuksessa bioinformaatikko Pia Laineen tekemissä analyyseissä. Sekvensointitapa valittiin aikanaan siten, että siinä voidaan nopeasti havaita kaikki Suomesta aiemmin löytyneet merkittävät virusvariantit. Menetelmä mahdollistaa myös uusien varianttien havaitsemisen, kuten nyt tapahtui. Koska virus muuntuu jatkuvasti, on uusien varianttien löytyminen ollut vain ajan kysymys. Nyt löydetty variantti on kuitenkin odotuksista poikkeava, koska sen perimä ei muistuta mitään yksittäistä tunnettua varianttia, toteaa Biotekniikan instituutin sekvensointiyksiköstä vastaava tutkimusjohtaja Petri Auvinen.
Tietyt mutaatiot SARS-CoV-2-viruksen perimässä johtavat tartuttavuuden lisääntymiseen ja toiset vaikuttavat rokotesuojan tehoon. Fin-796H-variantissa on kummankin tyyppisiä mutaatioita. Lisäksi variantissa on mutaatio alueella, jota WHO:n suosittelema N-geeniin kohdistuva PCR-menetelmä tunnistaa.
– Variantin yksi mutaatio estää viruksen luotettavan havaitsemisen yhdellä WHO:n viime keväänä suosittelemalla menetelmällä. Tämä huomattiin variantin aiheuttamaan Covid-19-infektioon sairastuneen potilaan näytettä analysoitaessa. Onneksi Vitassa ja todennäköisesti myös muissa koronadiagnostiikkaa Suomessa tekevissä laboratorioissa käytetään menetelmiä, joissa tunnistetaan vähintään kaksi viruksen geenialuetta. Siten infektio ei jääne missään puolella Suomea havaitsematta. Muissa maissa näin ei välttämättä ole, joten löydöksellä voi olla suuri kansainvälinen merkitys, kertoo Vita Laboratorioiden kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta.
Vielä ei ole tietoa, onko variantin aiheuttama koronatauti tavallisesta poikkeava. Havaittujen mutaatioiden perusteella viruksen tartuttavuus voi olla suuri, kuten brittivariantilla, ja samanaikaisesti rokotteet voivat tehota siihen huonosti, kuten eteläafrikkalaiseen varianttiin. Näyttö variantin ominaisuuksista saadaan kuitenkin vasta, kun sen levinneisyydestä ja tartuntaketjuista saadaan lisää tietoa.
– Vielä on liian aikaista sanoa, kuinka laajalle uusi Fin-796H-variantti on levinnyt ja missä se on alun perin kehittynyt. On epätodennäköistä, että näin poikkeava variantti olisi kehittynyt Suomessa, koska tautia on täällä varsin vähän. Etelä-Suomessa variantti voinee kuitenkin olla levinnyt, koska ainakin HUS:n alueella brittivariantin havaitsemiseksi tehdyssä PCR-seulontatestissä uusi variantti näyttää tietääksemme tavanomaiselta virukselta, ei variantilta. Onneksi itse virus kuitenkin havaitaan näissäkin testeissä. Syytä paniikkiin ei ole, vaikka viruksen nopea muuntautuminen toki huolettaa sekä diagnostiikan että rokotustehon kannalta, Vita Laboratorioiden koronadiagnostiikasta vastaava mikrobiologisen immunologian dosentti Taru Meri rauhoittelee.
Lisätietoja:
– Vita Laboratoriot Oy, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta, puh. 050 547 1184, [email protected]
– Vita Laboratoriot Oy, toimitusjohtaja, ylilääkäri Jukka Hurme, puh. 0400 500 362, [email protected]
– Biotekniikan instituutti, tutkimusjohtaja Petri Auvinen, puh. 050 448 2852, [email protected]
Vita Laboratoriot Oy tuottaa Helsingissä korkealaatuisia lääketieteellisiä ja ympäristölaboratoriopalveluja palvellen koko Suomea. Vita on vuonna 1994 perustettu perheyritys. Vita tekee tiivistä yhteistyötä Euroopan suurimpiin keskuslaboratorioyhtiöihin lukeutuvan saksalaisen LADR-konsernin kanssa.
Biotekniikan instituutti on osa Helsingin yliopiston HiLife-organisaatiota. DNA-sekvensointi- ja genomiikkalaboratorio on tehnyt tutkimusta sekä toiminut palveluyksikkönä jo runsaan kahden vuosikymmenen ajan. Tutkimusta ja palvelua tarjotaan geenitutkimuksen, genomiikan ja bioinformatiikan aloilla.
