Fin-796H-koronavariantin koko geeniperimä kartoitettu – toinen varmistettu tartunta löydetty

Vita Laboratoriot ja Helsingin yliopiston Biotekniikan instituutti tiedottivat 17.1.2020 löytämästään Fin-796H-koronavariantista. Variantista on jatkotutkimuksissa saatu tarkempaa tietoa. Lisäksi on varmistunut toinen saman variantin aiheuttama koronatartunta. Oletettavasti tartuntoja on enemmän.

Uuden Suomesta viikko sitten raportoidun Fin-796H-variantin koko genomi on määritetty. Sekvensointitutkimuksessa on varmistunut, että kyseessä on uniikki maailmalla aiemmin tunnistamaton SARS-CoV-2-viruksen variantti. Fin-796H poikkeaa kaikista aiemmista varianteista vähintään 15 eri kohdassa viruksen perimää eli genomia.

– Näin suurta määrää muutoksia ei synny hetkessä, joten voidaan olettaa, että variantti on kehittynyt pidempään jossain muualla kuin Suomessa. Muualta tätä varianttia ei kuitenkaan ole raportoitu, ja siten on mahdollista, että variantin alkuperä on alueella, jolla virusten perimän sekvensointia tehdään vähän tai ei lainkaan, kertoo Biotekniikan instituutin sekvensointiyksiköstä vastaava tutkimusjohtaja Petri Auvinen.

Potilaita, joilta Fin-796H-variantti on sekvensoimalla varmistettu, on nyt kaksi. Kummatkin ovat samasta tartuntaketjusta Suomessa. Samaan tartuntaketjuun liittyy neljä muutakin potilasta, joilla diagnoosi on varmistettu PCR-menetelmällä. Siten varianttia on todennäköisesti kahden varmistetun lisäksi ainakin neljällä muulla potilaalla.

Suomessa koronavirusdiagnostiikassa käytetään PCR-testejä, joissa tunnistetaan kaksi tai kolme aluetta viruksen genomista. Ainakin kahdessa kaupallisessa PCR-koronavirustestissä Fin-796H-variantti ei tunnistu kuin yhdeltä tunnistusalueelta, koska Fin-796H-variantissa on tunnistamisen estävä mutaatio toisella tunnistusalueella. Tällöin Fin-796H:n tunnistaminen jää yhden alueen tunnistamisen varaan. Havainto on merkittävä, koska ajan mittaan on mahdollista, että viruksen edelleen muuntuessa toiseenkin tunnistusalueeseen tulee mutaatio, jolloin PCR-testit eivät tunnista virusta ollenkaan.

– Nyt kun tämä riski on havaittu, PCR-testejä pystytään kehittämään sellaisiksi, että ne toimivat jatkossakin luotettavasti. Variantti kuitenkin lisää riskiä, että jossain päin maailmaa tämä variantti pääsisi vaivihkaa leviämään ilman että paikalliset testit sitä havaitsisivat, kertoo Vita Laboratorioiden kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta

Variantin genomi on toimitettu kansainväliseen GISAID-genomitietokantaan. Lisäksi Vita ja Biotekniikan instituutti ovat toimittaneet sekvensointituloksensa, muut varianttiin liittyvät tiedot ja varianttia sisältävän potilasnäytteen Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselle. Vita on myös välittänyt tiedot Fin-796H-tartunnoista asianomaisten pääkaupunkiseudun kuntien tartuntatautilääkäreille sekä HUS:lle viranomaistyönä tehtävää tartunnanjäljitystä varten.

Lisätietoja:

– Vita Laboratoriot Oy, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta, puh. 050 547 1184, sakari.jokiranta@vita.fi
– Vita Laboratoriot Oy, toimitusjohtaja, ylilääkäri Jukka Hurme, puh. 0400 500 362, jukka.hurme@vita.fi
– Biotekniikan instituutti, tutkimusjohtaja Petri Auvinen, puh. 050 448 2852, petri.auvinen@helsinki.fi

Vita Laboratoriot Oy tuottaa Helsingissä korkealaatuisia lääketieteellisiä ja ympäristölaboratoriopalveluja palvellen koko Suomea. Vita on vuonna 1994 perustettu perheyritys. Vita tekee tiivistä yhteistyötä Euroopan suurimpiin keskuslaboratorioyhtiöihin lukeutuvan saksalaisen LADR-konsernin kanssa.

Biotekniikan instituutti on osa Helsingin yliopiston HiLife-organisaatiota. DNA-sekvensointi- ja genomiikkalaboratorio on tehnyt tutkimusta sekä toiminut palveluyksikkönä jo runsaan kahden vuosikymmenen ajan. Tutkimusta ja palvelua tarjotaan geenitutkimuksen, genomiikan ja bioinformatiikan aloilla.

Laboratoriokäsikirja

Lue lisää

Lähetteet

Lue lisää

Ohjeet

Lue lisää

Tarviketilaukset

Lue lisää

Vitan tarinat ja arvot

Lue lisää

Suomalainen laatu

Lue lisää

Kliininen laboratorio

Lue lisää

Elintarvike

Lue lisää

Hygienia

Lue lisää

Sisäilma

Lue lisää

Asbesti

Lue lisää